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肝病研究所
——重点病种：病毒性肝炎及肝纤维化
曙光医院在20世纪50年代，由沪上名医夏德馨、王玉润教授创建肝病专科。长期以中医中药、中西医结合防治病毒性肝炎及其肝纤维化、肝硬化为主攻方向，继承与发扬并重，中西医融会贯通，在中医药临床诊疗方案、治疗药物研究水平及其疗效居国内领先地位，部分研究成果居国际先进水平。
曙光医院是我国中医医疗机构中唯一连续承担国家“六·五”至“十一·五”有关病毒性肝炎（包括慢性乙型肝炎和慢性丙型肝炎）的科技攻关和科技支撑课题的单位，表明长期以来一直处于全国领先的地位。多年来，研究已取得了重大进展，如率先提出补肾为主、清化为辅治疗慢性乙型肝炎新理论、新方法；建立了慢性丙型肝炎中医证型诊断标准，作为中华中医药学会肝胆病专业委员会的推荐标准在全国试行。
在中医药抗肝纤维化、防治肝硬化的临床和基础研究方面，通过20余年的不懈努力，创新性提出并论证了肝纤维化和肝硬化的中医“虚、瘀”并存的病机理论，在此中医理论指导下，研制“扶正化瘀胶囊”,经93例治疗前后2次肝穿刺组织学观察证实，肝组织纤维化分期逆转率达52%，这一临床研究成果打破了以往肝纤维化、肝硬化病理不可逆转的权威学术观点，有效逆转肝纤维化的确凿事实逐渐被学术界所接受。其十分显著的标志性成果包括以下诸项：所研制的抗肝纤维化“扶正化瘀胶囊”成为国家中药新药；列入国家医保药品目录；作为专业诊疗指南的首选药物在全国被广泛使用；已获得美国FDA的IND许可，与美国加州大学圣迭戈分校合作，在美国开展“扶正化瘀片抗丙型肝炎肝纤维化的II期临床试验”；“扶正化瘀法在抗肝纤维化治疗中的应用极其相关基础研究”获国家科技进步二等奖。
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骨伤研究所
——重点病种：骨退行性病变（骨质疏松症、骨关节病、颈椎病等）
骨退行性病变是现代社会的常见病、疑难病，相当一部分患者的劳动、生活能力因此丧失或下降，对人民健康和国民经济建设构成严重威胁。其中，骨质疏松症、骨关节病和颈腰椎病是最为常见的三大类骨退行性病变。目前，中国60岁以上老年人患病者已超过1亿，预计未来最大的骨退行性病变人群将在中国。
骨质疏松症（Osteoporosis，OP）已成为严重危害人类生命与健康的重大难治性疾病，据统计现在全世界约有2亿患病者，其发病率已跃居世界各种常见病的第七位。我国是世界上老年人口最多的国家，2000年60岁以上人口已达到1.29亿，到2040年将达4.14亿人；1990年全世界发生骨质疏松性髋部骨折者约170万例，到2050年将增加到630万例，这种病例大部分将发生在亚洲。骨质疏松症引起的主要不良后果是骨折，它不仅会对个人也给家庭和社会带来了严重的危害和经济损失。据调查我国目前骨质疏松症的人群患病率约6.6%，随着老龄人口数量的不断增多，必将对我国未来社会构成巨大危害。
骨关节病（Osteoarthritis,OA）是目前严重危害人类生命与健康的常见难治性疾病之一，其中以软骨退变为主要特点的骨关节病是最常见的类型，临床表现为关节疼痛，活动受限等症状。在我国，38～60岁人群中78.5%患有骨关节病，成为功能病废、生活质量下降的主要原因之一。自2004年始，卫生部北京医院牵头进行的“中国中老年骨关节病状况研究”共完成调查表6 218份、X线资料5 334份，结果表明，全国6大区（东北、华北、华东、华南、西南、西北）40岁以上人群原发性骨关节病患病率为46.3%。
颈椎病（Cervical Spondylosis,CS）是最常见的脊柱退行性疾患。在我国政府向WHO提交的《2005年中国国家环境与健康概况》中，已把包括颈腰椎病在内的椎间盘病症列为我国各种慢性难治性疾病的第八位。颈椎病患者颈部疼痛、头晕、头痛以及手麻等症，极大地降低了患者的生活质量。此外，因功能丧失及劳动力丧失所带来的社会生产力损失以及额外经济负担也随之急剧增加。
上海中医药大学骨伤研究所成立于1986年，当时由石氏伤科第三代传人石印玉教授担任所长。2003年研究所“骨与关节病理学”实验室成为国家中医管理局科研三级实验室。目前，研究所与骨伤科实行所、科一体化的管理体制，已成为以石氏伤科为主、集上海和国内伤科著名流派学术精华为一体的上海市中医骨伤科医疗协作中心。主要优势体现在以下几个方面：历史渊源方面，秉承石氏伤科百余年治伤方药与经验，临床规模居上海伤科首列；系国家中医药管理局首批临床专科；骨伤科研究所系上海中医药大学较早成立的研究所之一。理论创新方面，提出慢性骨与关节病损诊治的新观点，认为中老年退行性骨与关节疾病的基本病机是“痰、瘀致痹为标，肾元亏虚为本”，发病的关键病机是“骨节错缝，气血不通，筋骨失和”，治疗理念是“筋为骨用”、“筋骨并治”、“筋主骨从”。研究创新方面，率先在证型调查研究的基础上，以平补阴阳治疗骨质疏松症，相关基础与临床研究处于中医药防治骨质疏松症领域的全国领先地位。技术创新方面，研究整理了治疗骨质疏松性腰痛的“麻醉下大推拿手法”、治疗颈椎骨关节病的“仰卧位拔伸整复手法”、并形成治疗骨关节病的综合诊疗方案。其中，“仰卧位拔伸整复手法治疗颈椎病技术”作为国家中医药管理局第一批中医临床适宜技术推广计划项目（国家中医药管理局通告，国中医药通[2006]1号），已应邀赴河北、江西、浙江、宁夏等地讲授，并推广应用。药物创新方面，自主研制开发出治疗骨关节病的养血软坚胶囊、骨刺宁胶囊、抗骨质增生合剂、金力胶囊；治疗骨质疏松的密骨胶囊等一系列中药新药。人才团队方面，形成老中青结合、中青年人才为主的人才团队。拥有全国优秀中医临床人才1名，享受国务院政府特殊津贴专家2名，全国名中医师带徒导师1名，教育部新世纪优秀人才1名。
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肾病研究所
——重点病种：慢性肾脏疾病（CKD）
慢性肾脏疾病（CKD）根据肾小球滤过率下降程度的不同可分为CKD 1～5期，其中CKD 2～4期是指慢性肾功能不全发展到慢性肾功能衰竭（CRF），而CKD5期指的是终末期肾病（ESRD）。肾脏病变呈潜在进行性发展，多为不可逆，病情复杂多变，治疗棘手，严重危害人类的健康和生命。根据美国统计血肌酐水平变化与8年后死亡率的关系提示: 血肌酐水平达到71～88μmol/L，8年死亡率为10%；达到97～114μmol/L，为12% ；达到115～132μmol/L，为16%；达到133～149μmol/L，为22%；达到150～176μmol/L，为30%；大于221μmol/L，为50%。中国CRF的年发病率是自然人群的百万分之50～100。流行病学调查显示40岁以上人群CKD患者达4 400万。按1%发展成ESRD，则每年需要替代治疗的ESRD患者，其医疗费用将达500亿，而我国2004年国家健康预算仅为20亿。同时给患者家庭也带来沉重的经济和身心负担。
曙光医院肾病专科建科于20世纪50年代，是全国最早成立的中医肾病专科之一。目前，上海中医药大学肾病研究所与肾病科实行所、科一体化管理。在临床研究方面，在童少伯、余志鼎、钟念文等历代著名中医肾病专家、教授的指导下，提出扶正泄浊、祛风胜湿等治疗方药取得较好的疗效，总结出辨证论治的规律，1966年发表慢性肾炎辨证论治和以健脾补肾法治疗慢性肾炎的学术论文影响甚大，至今仍被临床广泛应用。数十年来，我科着重开展中医药治疗早中期慢性肾衰的临床研究，经过50余年的临床积累，形成了一套在中医理论指导下进行有效方药治疗早中期慢性肾衰的特色诊疗方案，特色明显，疗效显著。